北京睿博兴科生物技术有限公司
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SNP检测


简介

SNP(single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。有些SNP位点还会影响基因的功能,导致生物性状改变甚至致病。单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据,因此被广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源、进化及迁移等方面)和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。与其它分子标记相比,SNP分辨率最高也最为丰富,覆盖基因组范围大,遗传上比较稳定,在人类基因组中,估计平均每1000个碱基对就有1个SNP,估计其总数可达300万个甚至更多,是继微卫星之后的第三代遗传标记。SNP的分布不均匀,非转录序列中要多于转录序列,绝大多数位于蛋白的非编码区。通常情况下是一种二等位基因的变异,多为转换,即一种嘧啶碱基换为另一种嘧啶碱基,或一种嘌呤碱基换为另一种嘌呤碱基,转换与颠换之比为2:1。SNP在CG序列上出现最为频繁,而且多是C→T,因为CG中C即胞嘧啶常为甲基化的,自发脱氨后即变为胸腺嘧啶


目前我公司可提供三种SNP基因分型服务。


(一)Sanger测序法

公司拥有成熟的基于DNA 测序的SNP 分析,测序信号强,峰图清晰,能准确分辨各种杂合的SNP类型。对有复杂结构的模板的测序成功率远高于其它测序公司。配合高通量样品处理系统和优秀的PCR设计方案,将为您提供对基因组任何位置和序列分型服务。各种类型的SNP 位点变化如碱基替换、缺失、插入以及纯合、杂合等不同类型的基因型变化在测序图上都可以直接看到,纯合型SNP 位点的测序峰为单一峰型,而杂合型SNP 位点的测序峰为套峰,检测结果直观准确。


1. 技术流程



2. 结果展示

Allele(C/C)


3. 可提供的服务

(1)基因组DNA提取

(2)引物的设计与合成

(3)PCR扩增(包括PCR产物纯化等)

(4)一代测序

(5)SNPs位点读取


4. 送样要求

组织:500mg以上,需低温运输

血液(抗凝血):>1ml,需低温运输

唾液>1ml(加保护液),需低温运输

口腔拭子:每样送2只口腔拭子,需常温运输

细胞:大于106,收集细胞沉淀,需干冰运输

石蜡切片:10*10*8um的切片不少于10片,需常温运输

基因组DNA:浓度20-30ng/ul以上,OD260/280在1.7-2.1左右,电泳有基因组主带,需冰袋运输

SNP送检信息表格下载


5. 公司可提供的结果

(1)  测序图谱

(2)  SNP 分型统计结果

(3)  实验流程(包括扩增和反应体系、设计的引物序列等详细信息)


(二)SNaPshot 分型法

该技术也是由美国ABI 开发,主要针对中等通量的SNP 分型项目。在一个含有测序酶,四种荧光标记的ddNTP,紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR 产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI 测序仪跑胶后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型,根据峰移动的胶位置确定与该延伸产物对应的SNP 位点。对于PCR 产物模板可通过多重PCR 反应体系获得。利用SNaPshot 检测技术结合高通量样品处理平台,每天的检测通量能够满足中大规模基因分型项目的需要。


SNaPshot 方法特点:

﹡分型准确 直接得到位点的碱基组成,检测结果直观其准确度仅次于直接测序。

﹡多位点同时检测 采用多重单碱基检测技术,每次反应可以检测多达10 个SNP 位点,而RFLP及TaqMan 一次仅能检测一个。

﹡不受SNP 位点多态特性限制 不管该位点是杂合,还是插入或缺失多态,都可以放在一个体系中检测。

﹡可以检测发现受污染的样本 如果一个样本的分型峰谱偏离正常的分布,它可以提示样本可能受到污染或浓度过低。



1. 技术流程




2. 结果展示


峰位置代表检测的SNP位点;峰颜色代表SNP位点的基因型

3. 可提供的服务

(1)基因组DNA提取

(2)引物的设计与合成

(3)SNPs位点检测与分析


4. 送样要求

组织:500mg以上,需低温运输

血液(抗凝血)>1ml,需低温运输

唾液>1ml(加保护液),需低温运输

口腔拭子:每样送2只口腔拭子,需常温运输

细胞:大于106,收集细胞沉淀,需干冰运输

石蜡切片:10*10*8um的切片不少于10片,需常温运输

基因组DNA:浓度20-30ng/ul以上,OD260/280在1.7-2.1左右,电泳有基因组主带,需冰袋运输

SNP送检信息表格下载


5. 公司提供的结果

(1)SNPs 统计结果(Execl 表格)

(2)实验报告(包括扩增和反应体系、设计的引物序列等详细信息)


(三)KASP分型法

KompetitiveAllele-Specific PCR,基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels(InsertionsandDeletions,插入和缺失)。优点:只要合成两个通用荧光探针,再加合成多个针对具体位点的SNP PCR引物,就可以测多位点;适合大通量snp分型项目

1. 技术流程


2. 结果展示


荧光颜色代表SNP位点的基因型

3. 可提供的服务

(1)基因组DNA提取

(2)引物的开发与合成

(3)SNPs位点检测与分析


4. 送样要求

组织:500mg以上,需低温运输

血液(抗凝血)>1ml,需低温运输

唾液>1ml(加保护液),需低温运输

口腔拭子:每样送2只口腔拭子,需常温运输

细胞:大于106,收集细胞沉淀,需干冰运输

石蜡切片:10*10*8um的切片不少于10片,需常温运输

基因组DNA浓度20-30ng/ul以上,OD260/2801.7-2.1左右,电泳有基因组主带,需冰袋运输

SNP送检信息表格下载

5. 公司提供的结果

(1)SNPs 统计结果(Execl 表格)

(2)实验报告(包括扩增和反应体系、设计的引物序列等详细信息)

(3)KASP分型图


SNaPshot 分型法电子订单下载 KASP分型法电子订单下载 Sanger测序法电子订单下载


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